Doanh nghiệp 20 người dùng phần mềm ERP thiết kế cho tập đoàn 500 người sẽ lãng phí ngân sách và thời gian đào tạo nhiều hơn giá trị mang lại.
Nên chọn phần mềm kế toán/ERP theo đúng quy mô hiện tại cộng thêm dự phóng tăng trưởng 12-18 tháng tới, không phải theo tham vọng 5 năm sau — vì phần lớn SME thay đổi mô hình kinh doanh nhanh hơn khả năng phần mềm ERP thích ứng. Ba tiêu chí quan trọng hơn cả thương hiệu phần mềm là: khả năng tích hợp với hệ thống bán hàng/kho hiện có, chi phí triển khai + đào tạo (thường bị đánh giá thấp), và khả năng xuất báo cáo đúng chuẩn cơ quan thuế. Đầu tư ERP quá sớm hoặc quá lớn so với quy mô là sai lầm phổ biến không kém việc dùng Excel quá lâu.
Với dưới 50 nhân sự và một vài chi nhánh, phần mềm kế toán/quản lý bán hàng chuyên biệt thường đủ dùng và rẻ hơn nhiều so với một hệ thống ERP tích hợp toàn diện chỉ thực sự cần thiết khi vận hành đa phòng ban phức tạp.
Một phần mềm kế toán tốt nhưng không kết nối được với POS bán hàng hoặc phần mềm quản lý kho hiện có sẽ tạo ra việc nhập liệu hai lần, tăng rủi ro sai lệch số liệu thay vì giảm.
Chi phí thực tế của một hệ thống ERP thường gấp 2-3 lần phí license ban đầu khi cộng thêm tùy biến, nhập liệu lịch sử, và thời gian nhân sự học sử dụng — cần đưa vào ngân sách ngay từ đầu.
Một số phần mềm quốc tế mạnh về quản trị nhưng không xuất được báo cáo đúng mẫu biểu yêu cầu của cơ quan thuế Việt Nam, khiến kế toán vẫn phải làm thủ công song song — mất hết ý nghĩa đầu tư.