Khấu trừ hóa đơn không đủ điều kiện từ nhà cung cấp có vấn đề là lỗi bị phạt nhiều nhất.
Lỗi phổ biến nhất là kê khai khấu trừ thuế GTGT đầu vào cho hóa đơn không đủ điều kiện — thiếu chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt với hóa đơn từ 20 triệu, hoặc hóa đơn của nhà cung cấp đã ngừng hoạt động/bỏ trốn. Đây là lỗi khiến doanh nghiệp nhỏ bị phạt và truy thu nhiều nhất vì thường không kiểm tra tình trạng hoạt động của nhà cung cấp trước khi nhận hóa đơn.
Nhận hóa đơn từ nhà cung cấp đã bỏ trốn/ngừng hoạt động là rủi ro bị loại khấu trừ toàn bộ.
Thiếu chứng từ thanh toán là lỗi phổ biến thứ hai sau vấn đề nhà cung cấp.
Sai lệch giữa tờ khai và sổ sách là dấu hiệu đầu tiên khiến hồ sơ bị đưa vào diện rà soát.
Tự giác điều chỉnh sớm giúp giảm đáng kể mức phạt so với bị phát hiện qua thanh tra.